Die Mehlhorn-Stiftung wurde im Jahr 2002 als gemeinnützige Einrichtung von Prof. Dr. Hans-Georg Mehlhorn (1940-2011) gegründet, der er als Stifter vorstand. Nach dem Tod von Prof. Dr. Mehlhorn wurde Prof. Dr. Frank Schulz, seit Gründung der Stiftung Stellvertretender Vorstandsvorsitzender, 2012 Vorstandsvorsitzender. Als Rechtsfähige Stiftung des privaten Rechts hat sie ihren Sitz in Leipzig und ist im Stiftungsverzeichnis der Landesdirektion Leipzig unter der Nummer 9/2002 vom 27.12.2002 registriert.

Am 1. Januar 2004 hat Prof. Dr. Hans-Georg Mehlhorn die Aus-, Fort- und Weiterbildungsaktivitäten seines bis dahin freiberuflich betriebenen Bildungs- und Forschungsinstituts als Zuwendung im Sinne von § 10b EstG in die Mehlhorn-Stiftung eingelegt. Haupttätigkeit des Bildungs- und Forschungsinstituts war die Aus-, Fort- und Weiterbildung von Lehrern und Erziehern zu Kreativitätspädagogen. Dieses Geschäft ist ab 1. Januar 2004 in Verantwortung der Mehlhorn-Stiftung fortgeführt und im August 2008 durch den Stiftungsvorstand auf die Akademie für Kreativitätspädagogik Leipzig gGmbH als 100%ige Tochter der Stiftung übertragen worden.